EPS 対応のソフトウェアには Maple, MATLAB, GNUPLOT, Mdraw などがあります. また PSfrag が version 3以降なら処理は, TeX側で済ませられます. PSfragの入手は CTAN にありますので, 国内のサイトで以下の場所からダウンロードしてください.
国内のCTAN CTAN/macros/latex/contrib/supported/psfrag
使用例: テスト用のソース(ダウンロード)
\documentclass{jarticle}
\usepackage[dvips]{graphicx} % パッケージ読込
\usepackage{psfrag} % (graphicsx,psfrag)
\psfrag{title}[t]{グラフ $f(x,y)=x^4-4xy+y^4$}% 置換えの指定
\psfrag{x}[t]{x軸}
\psfrag{y}[t]{y軸}
\begin{document}
\includegraphics*[scale=.5, angle=270]{test} % EPSの読込
\psfrag{title}[t]{グラフ2 $f(x,y)=x^4-4xy+y^4$}% 置換えの指定(2)
\psfrag{x}[t]{x'軸}
\psfrag{y}[t]{y'軸}
\includegraphics*[scale=.5, angle=270]{test} % EPSの読込(2)
\end{document}
出力: クリックすると拡大されます. 
説明:
プリアンブルで PSfrag と graphicx パッケージを読み込んだ後に文字列の置き換えの指定を行なっています. また参照範囲を調べるために再度, 置き換えの指定しています. psfrag コマンドのオプションは次のようになっています.
\psfrag{tag}[posn][psposn][scale][rot]{replacement}
| tag: | 置き換える際のターゲットとなる文字列 |
| posn: | LaTeX での位置を指定 |
| psposn: | PostScript での位置を指定 | rot: | 回転する角度の指定 |
| replacement: | 実際に置き換える文字列 |